毒芹菜的形态与水芹菜有所不同。毒芹菜可以长到70至100厘米高，茎是单生的、中空的、具有分枝。叶片则是二至三回羽状全裂，边缘上有锯齿状的尖端。基生叶具有抱茎的膜质叶鞘。它的花序是复伞形的，顶生于茎的顶部，呈半球形。花瓣的颜色是白色的，而果实则是近似球形的双悬果。整株植物都带有恶臭。
水芹菜的高度则在15至80厘米之间变化。茎可以直立，也可以在基部匍匐。基生叶是有柄的，叶片的轮廓则是三角形的。上部的叶子是没有柄的。水芹菜与毒芹菜相比，其复伞形花序也是顶生的，但没有总苞。它的萼齿线状，呈披针形。花瓣的颜色是白色的，花柱的基部呈圆锥形。果实则呈近四角状的椭圆形或筒状长圆形。水芹菜的开花期在6至7月，结果期在8至9月。
水芹菜和野芹菜最明显的区别就是杆上的茸毛。野芹菜的茎上长满了茸毛，而水芹菜则没有。另外，野芹菜的叶子相对较宽短，更像家芹，而水芹菜的叶齿又细又长，茎也更细长。
两种植物的分布地区也不同。毒芹菜分布在海拔400至2900米的杂木林下、湿地或水沟边，在苏联的远东地区、蒙古、朝鲜、日本等地有分布，并且在中国的黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北、陕西、甘肃、四川和新疆等省区也有产地。而水芹菜原产于亚洲东部，分布在中国长江流域、日本北海道、印度南部、缅甸、越南、马来亚、爪畦和菲律宾等地。在中国，它主要栽培在中部和南部地区，尤其是江西、浙江、广东、云南和贵州栽培面积较大。
两种植物的毒性也不同。野芹菜属于剧毒植物之一，食用后几分钟即可中毒。中毒症状包括口唇发泡甚至出现血泡，主要毒性作用在中枢神经系统，有明显的致痉挛作用。中毒后出现头晕、呕吐、痉挛、皮肤发红、面色发青，最终导致麻痹和呼吸衰竭。人类中毒剂量为30至60毫克，致死剂量为120至150毫克。食用野芹菜的花朵会引起恶心、呕吐、四肢发冷、四肢麻木等症状，严重时甚至可导致死亡。这是因为野芹菜的毒性会导致运动神经麻痹，并抑制延髓中枢的兴奋。而水芹菜则没有毒性，富含各种维生素和矿物质，每100克可食部分含有1.8克蛋白质、0.24克脂肪、1.6克碳水化合物、1.0克粗纤维、160毫克钙、61毫克磷、8.5毫克铁，还含有芸香苷、水芹素和檞皮素等物质。水芹菜的嫩茎和叶柄质地鲜嫩，口感清香爽口，可生拌或炒食。
