植株的根腐病治疗方法和所用药物因植物的不同而有所差异。以小麦根腐病为例，可以使用50%的扑海因或50%的菌核净进行治疗。每hm2土地需要使用500至750克的喷雾剂进行喷洒。对于西红柿根腐病，可以采用百泰（一种杀菌剂）1000至1500倍稀释液，加上沃家福（促生根剂）1000倍稀释液进行灌根治疗。
此外，根腐病的治疗还可以通过施用微生物菌肥em菌原液来改善植物的生存环境。增加土壤有机质含量，改善土壤结构，活化土层，抑制病虫害的发生，以预防和治疗根腐病等植物病害。
在播种前，可以使用种子重量的0.3%退菌特或种子重量的0.1%粉锈宁进行拌种，也可以使用80%的402抗菌剂乳油2000倍稀释液浸泡种子5小时。对于插穗，可以用相同浓度的药液浸泡基部1小时后进行扦插。这些预防措施能有效地预防根腐病的发生。
