日本晚樱属于乔木，大约高度为3-8米。它的树皮呈灰黑色或灰褐色，而小枝则是白色或淡褐色且无毛。相比之下，东京樱花更高大，最高可达16米。它的树皮呈淡紫褐色，嫩枝为绿色且具有稀疏的柔毛。
叶片方面，日本晚樱的叶片呈卵状椭圆形或倒卵椭圆形，长约5-9厘米，宽约2.5-5厘米。托叶呈线形，边缘有锯齿，一般较早脱落。东京樱花的叶片形状为椭圆卵形或倒卵形，相较于前者更大，长约5-12厘米，宽约2.5-7厘米，托叶则呈披针形。
花瓣方面，日本晚樱的花瓣排列成伞形总状花序，形状为椭圆卵形，颜色有白色或粉红色。而东京樱花的花瓣则形成伞房花序，总苞片呈褐红色，花瓣为倒卵形，只有粉色的。
