黑叶观音莲的灰霉病会导致叶子出现黑色斑点或黑色霉点，影响叶子的美观度，严重时甚至会导致叶子逐渐枯萎并掉落。对于黑叶观音莲发生灰霉病的防治方法，可以在病害初期使用稀释1000倍的59%托布津可湿性粉剂喷洒进行防治。
当黑叶观音莲在高温高湿的环境中生长时，容易发生茎腐病。茎腐病会导致植株的根茎部位逐渐腐烂，影响植株的正常生长。为预防和治疗茎腐病，可以适当遮阴以降低温度，同时喷洒适量水分，保持植株湿度，并降低环境温度。在茎腐病发病初期，也可以使用稀释1000倍的70%甲基托布津可湿性粉剂喷洒进行防治。
黑叶观音莲的切根虫害主要危害其新叶和根群，这种虫害会吞噬叶子和根部，导致叶子停止生长或缺失，并使根部受损，最终影响植株的生长甚至导致死亡。为预防和治疗切根虫害，应及时采取防治措施，如使用米乐尔、螺通杀、喷敌百虫等杀虫剂，或使用谷糠配制的毒饵进行诱杀。另外，也可以修剪已被虫害感染的部位，以防止病虫继续传播。
黑叶观音莲受到蚜虫的危害时，会接触传播花叶病，影响叶子的生长，导致叶片逐渐干枯脱落。为了防治蚜虫害，在发病初期可以使用稀释1000倍的40%氧化乐果乳油喷洒杀虫剂进行防治。
