蒿子杆和茼蒿在叶子形态和花朵特征上存在一些区别。首先，在叶子的形状上，蒿子杆的叶子呈倒卵形或长椭圆形，长约2到6厘米，宽1到2.5厘米。叶子表面为绿色，背面为淡绿色，呈二回羽状分裂，侧裂片有3到8对，具有披针形、线形或斜三角形的裂片。而茼蒿的叶子长椭圆状或长椭圆状倒卵形，长度为8到10厘米，无柄，叶片呈二回羽状分裂，侧裂片有4到10对，裂片形状为卵形或线形，而上部的叶片相对较小。
其次，在花朵的特征上，蒿子杆的花朵呈头状花序，通常有2到8个头状花序生长在茎枝的顶端，具有花梗，并聚集成不明显的伞房花序。有时，头状花序也会单独在茎顶生长。这种花朵的直径约为0.6到1厘米，颜色为黄色。而茼蒿的花朵也呈头状花序，单独生长在茎顶或少数生长在茎枝的顶端，形成不明显的伞房花序。花梗较长，约为15到20厘米，花朵的颜色也是黄色。
综上所述，蒿子杆和茼蒿在叶子形态和花朵特征上存在一些明显的差异。
