玉中的一种常见瑕疵是水线，它是一种透明的浅色条带，其成因可以分为两种。第一种成因是矿料形成时就存在的水线，这主要是因为透闪石的含量低于其他部位，而且在透闪石的空隙中掺入了石英颗粒（即二氧化硅颗粒），从而局部透光性增强。这种水线的密度未必低于其他部分，但脆性增强，容易在雕刻过程中发生崩口，抛光时也难以获得光滑的表面，因此被视为玉中的瑕疵之一。第二种成因是矿料形成时并不存在水线，但经过河流长年冲刷，由于冰冻等自然原因导致局部矿物质流失而形成的水线。这部分水线的密度较低，然而这只是玉工的经验总结，尚无科学专门论述。青海料中水线比较常见，子料中也存在，但并非绝对，因为好的青海料、俄料和子料都不会有水线问题。
