水培前应选择头部较大的洋葱，并尽量选择即将发芽的，这样水培后会更快发芽。选好后，将洋葱表皮的干皮剥掉，并用干净的刀从根部切掉一小段，以便更好地吸收水分。
准备一个透明的容器，方便观察生长情况。容器口不宜过大或过小，应该能够固定住洋葱。可以使用玻璃瓶或水杯作为容器。在容器中倒入适量的水，水量不宜太多，只要刚好触及洋葱底部即可，过多的水会影响呼吸和生根。
将处理好的洋葱放在容器口上，开始进行水培。初始阶段要经常更换水，每天都要更换一次，持续一周，洋葱就会逐渐长出白色的根须。
当洋葱长出根部后，可以减少水的更换频率。可以隔一天才更换一次水，大约持续十天，此时洋葱顶部会长出小绿芽。之后，换水的次数可以再减少，大约隔三四天换一次水。如果想促使洋葱生长更快，可以加入适量的生根粉。此外，要注意保持良好的通风。
