睡莲腐烂病是一种全株性的病害，在根部开始发病。一开始，地下茎没有症状，但断面会变为淡褐色或褐色，并逐渐扩展。有些情况下，病茎变色不明显，但茎的全面或一侧会出现纵皱。叶片也会呈现出淡绿色，然后从叶缘开始干枯，导致叶片卷缩和枯死。
预防和治疗方法包括：选择抗病品种，在病重的田地实行2-3年轮作。选择健康的藕种，并使用50%多菌灵或甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍药液处理。深耕翻耙藕田，每公顷施加1500-2250kg石灰。加强肥水管理，施足腐熟有机肥，适时适量追肥，并结合有机肥和化肥的使用，将氮肥与磷钾肥相结合。及时拔除病株后，喷洒50%多菌灵可湿性粉剂600倍液和75%百菌清可湿性粉剂600倍液。
睡莲叶腐病主要对水面上的叶片造成危害。病斑症状呈现不规则的形状，有些呈”S”形，有些则像蚯蚓。病斑呈褐色或黑褐色，后期出现白色皱球状菌丝团和茶褐色球状小菌核，病重的叶片会腐烂变褐，很难从水面上抽离。
防治方法包括减少病源，收获时清除病残株，深埋或集中烧毁。在发病初期，喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，每隔十天进行一次喷杀，连续防治2-3次即可。
睡莲斑腐病的病斑形状不规则，初发时呈现为小黑斑点，后扩展成圆形、多角形或不规则形状。病斑边缘为黑色，有黄色晕圈，中间为灰黑色带轮纹，病部容易破裂或脱落，导致叶片和叶缘残缺不整。严重时，大部分甚至全部变为黑褐色腐烂，上面有灰褐色霉层，即病菌子实体。
预防和治疗方法包括在生长季节收集病残物并深埋或烧掉。施足腐熟有机肥，适时适量追肥，并结合有机肥和化肥的使用，将氮肥与磷钾肥相结合。及时拔除病株后，喷洒50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，每隔十天左右喷一次，连续喷2-3次。
睡莲炭疽病会在叶片上发病，初期出现褐色小斑点，然后扩大成直径超过10mm的近圆形病斑，病斑边缘较暗。
预防和治疗方法包括在生长季节收集病残物并深埋或烧掉。施足腐熟有机肥，适时适量追肥，并结合有机肥和化肥的使用，将氮肥与磷钾肥相结合。及时拔除病株后，喷洒50%多菌灵可湿性粉剂600倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液或80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液，每隔10天左右喷一次，连续防治2-3次。
