芍药的一种常见病害是叶霉病。叶霉病在芍药植株叶片上初期会出现紫褐色的斑点，随后这些斑点会逐渐扩大。斑点的中央呈现淡褐色，边缘呈暗紫褐色，并且呈波纹状。在秋季患病时，叶片上的斑纹会变为暗褐色。叶霉病主要发生在4月到5月，并且在潮湿的环境中发病的几率更大。解决这个问题的方法是使用菌清或者多菌灵800~1000倍液进行喷洒，并且要注意增强通风和透气。
芍药的另一种病害是白绢病。白绢病主要出现在土表上，仔细观察会发现土表和根茎部分会有白色的柳絮状物体，并且植株会渐渐萎蔫。预防白绢病的重点在于每个月喷洒一次多菌灵可湿性粉剂500倍液。一旦发病，应及时剪除病株，并更换新土重新栽种。
芍药的疫病主要侵害叶片、叶柄和茎。叶子发病通常从下部叶面开始，出现水渍状的病斑，中央为灰绿色，边缘为暗绿色，然后叶子会凋萎并枯死。解决这个问题的方法是使用百菌清或多菌灵800~1000倍液进行喷洒，还可以喷洒400倍液的铜汞剂来防治。
芍药的另一种病害是锈病。可以定期使用65%代森锌可湿性粉剂500倍液或石硫合剂0.3至0.4度液进行喷洒，每隔10至15日喷一次，连续喷3至4次，就可以取得一定的效果。
芍药的最后一种病害是纹病。纹病发生在叶片上，起初为褐色的圆斑，呈同心轮纹状扩展，后来变成黄褐色或暗褐色，并且病斑常常联结成不规则的形状，最后干枯。该病往往通过伤口侵入，而且在通风不良、高温高湿的条件下更容易发生。解决这个问题的方法是加强通风，并注意使用百菌清或多菌灵800~1000倍液进行喷洒来治理。
