纯净水与自来水相比，更适用于水培植物。纯净水是一种脱盐水，含有较低的盐分，并且具有透明度高、无污染等优点，是最理想的水培植物用水。另外，合格的饮用自来水也可以作为水培植物的用水，但自来水中常含有消毒用的液氯，过量的氯会对花卉根系造成损害，因此在使用前需要放置一段时间让氯气挥发掉。
通常我们说一个星期换一次水，但频繁的水务管理并不一定对植物有益，实际上，应该根据植物的情况来灵活掌握。一些水生或湿生花卉非常适应水培环境，可以将换水的时间间隔延长到20天或30天左右。而对于一些不太适应水培环境的植物，它们的生长恢复较慢，甚至可能在水培后出现根部腐烂的情况。对于这类植物，在刚开始的水培环境中，应频繁地更换水，甚至每1-2天更换一次，直到新根出现并恢复正常生长后，再逐渐减少换水次数。
换水的频率还可以根据天气情况进行调整，春季和秋季可以每5-10天换一次水，夏季大约每5天换一次水，冬季则每10-15天换一次水。
在进行水培时，需要注意的是水并不是越多越好。根部不应完全浸入水中，而是让部分根系露在空气中。最好让根系露出三分之一以上，这样既可以在水中吸收溶解氧，也能从空气中吸收氧气。
在更换水时，应该清洗根系。用清水冲洗根部的黏液，如果发现腐烂的根部，应及时修剪，一般烂根会从根尖处逐渐向上腐烂，修剪时应将其剪到正常的根系为止。对于失去吸收能力的老根也要进行修剪。此外，容器使用一段时间后，容器壁会积聚沉淀物，并容易滋生青苔，在换水时也需要彻底清洗干净。
