厚朴树的病害主要包括根腐病、煤污病、叶枯和虫害。根腐病是指厚朴树根部被真菌感染导致根烂，一旦患病，茎上就会长出黑色斑纹，最终导致树木死亡。为预防根腐病，需要提前进行排水工作并给土壤消毒，及时观察并移除患病苗木，同时在土壤中施用药物可以防止病害传染，还可以使用一定浓度的石灰水灌溉小苗。
煤污病是目前厚朴树林中最严重的问题之一，与环境有关。当出现雾霾天气，并且在一定温度下，树木容易感染煤污病。患病的厚朴树叶子和树皮上会有烟雾状的物质，随后树木逐渐衰弱。面对这种情况，可以通过控制种植密度来保证通风透气，但解决方法有限。
叶枯病和根腐病类似，也是由真菌引起的，患病时叶子会迅速枯萎并脱落。对于叶枯病，需要及时将枯萎的树叶和枝条剪除，定期喷药进行防治。
厚朴树还容易受到各种虫害的侵袭，如白蚁、天牛和蛾子等。白蚁会蛀食厚朴树的根部，解决方法是找到白蚁的巢穴，用烟熏灭或挖除巢穴，但要避免损坏树根。褐天牛会破坏厚朴树的根部和茎，可以使用药物进行撒布、捕捉虫害和刮除虫卵等方式进行防治。
