山茱萸和吴茱萸在叶子、花朵和果实方面有明显的区别。
首先，在叶子的形状上，山茱萸的叶子是对生的，并且通常为纸质质地。叶片的形状呈卵状披针形或卵状椭圆形，长约5.5到10厘米，宽约2.5到4.5厘米。叶子的先端逐渐变尖，基部为宽楔形或接近圆形。叶子的边缘是整齐的，上表面为绿色，下表面为浅绿色。
而吴茱萸的叶子通常由5到11小叶组成，小叶的质地薄或厚纸质。叶片的形状可以是卵形、椭圆形或披针形，长约6到18厘米，宽约3到7厘米。小叶的边缘也是整齐的，或者接近浅波浪状。叶子的两面以及叶轴上都有绒毛生长。
其次，在花朵的形态上，山茱萸的花序生长在枝的侧面，花瓣的数量为4枚，形状为舌状披针形，长约3.3毫米，呈黄色。
吴茱萸的花序则生长在枝的顶部，花朵的萼片和花瓣的数量都为5枚，花瓣的长度为3到5毫米，花瓣的腹面上有绒毛。
最后，在果实的特征中，山茱萸的果实呈长椭圆形，颜色为红色或紫红色，长度约为1.2到1.7厘米，直径为5到7毫米。
吴茱萸的果序宽度在3到12厘米之间，成熟时呈暗紫红色，并且具有油点。
