木兰烂根的初期处理方法是更换盆土。木兰烂根一般是由于盆土过于湿润造成的。只需要替换土壤并去除烂根即可。因此，在平时浇水时也要注意不要过频，并避免积水。等盆土干燥后再进行浇水，一般常温下一周浇透水一次即可。
通风换气也对植物的健康很重要。及时通风，可以将木兰放置在通风良好的地方，或经常将其移至室外通风晒太阳，保持栽培环境的干燥。但要避免夏季正午阳光的直射。
减少浇水也是处理木兰烂根的方法之一。如果盆土过于湿润导致根部缺氧，无法呼吸，就需要细心照料使其恢复。逐渐减少浇水的次数，从一天两次减少到一天一次或两天一次，逐渐改善土壤的湿度。等到情况基本改善后，再恢复正常的浇水量。
如果经过浇水和晒阳光后，根的情况没有改善，可以尝试使用一些植物营养液。但要注意不要使用过多，按照说明书上的比例来，最好稀释后喷洒在叶面，切记不要过度浓缩。
对于木兰烂根严重的情况，处理的方法包括将所有烂根切除和重新栽植。如果烂根情况较为严重，可以消毒专用刀具后将烂掉的根进行切除，剩下的根部可以涂抹生根剂，更换新土，并细心照料。过不了多久，健康的新根就会长出来。
如果根部完全烂掉，直接移植应该是最有效的处理方法。可以将植物茎上的小植株剪下，直接种植在培养土中或水中，细心照料，就可以促使其生根，之后再进行移植栽种。
