鹿药和玉竹在茎部的差异上有所不同。鹿药的茎部高度大约在30到60厘米左右，相对较高。而玉竹的茎部高度大约在20到50厘米左右，相比鹿药稍矮。
叶片的差异也可以用来区分鹿药和玉竹。鹿药的叶片一般长在茎部的上方，通常为5到7片，长度约为6到15厘米，宽度约为3到7厘米，叶柄较短。玉竹的叶片数量相对较多，一般为7到12片，尺寸较小，长度约为5到12厘米，宽度约为3到6厘米。
花朵的外观也是区分鹿药和玉竹的一点。鹿药的花朵颜色为白色，花梗长约2到6毫米，花序上一般有10到20朵花。而玉竹的花被颜色为黄绿色至白色，长度约为13到20毫米。
果实上也存在差异。鹿药的果实呈球形，直径约为5到6毫米，在初生时呈绿色带有紫斑，成熟后变为红色。而玉竹的果实呈蓝黑色，直径约为7到10毫米。
