这两种植物均属于毛莨科芍药属，因此存在许多相似之处，令人难以区分。古代并未对两者进行区分，直到出现了“木芍药”和“草芍药”的说法。后来，“木芍药”逐渐演变为现今的牡丹，“草芍药”则成为我们现今认知的芍药。《本草纲目》也有对它们的记载。
它们的主要区别如下：
（1）前者为一种草本植物，具有宿根块茎。而后者是一种木本植物，准确来说是落叶灌木。
（2）它们的茎也不同。前者的茎为草质，在一定季节后，地上部分会枯死。而后者的茎是木质的，在落叶后，地上部分可以保持不死。
（3）它们的叶子也呈现差异。前者的叶子较窄且正反面呈深绿色。后者的叶子较宽，正面为绿色，反面稍微带有些许黄色。
（4）它们的花朵也各不相同。前者的花径约为十五厘米，而后者约为二十厘米。
（5）它们的花期也存在差异。前者的花期在春末夏初，后者则在三月份，即初春。
这些是它们的主要区别。
