花菖蒲的繁殖方式有分株和种子繁殖两种方法。分株可以确保品种的优良特性，同时减少变异的发生。
分株的最佳时间是在花菖蒲生长3~4年后进行。通常选择春季的5月，或者秋季的9月中旬或花后进行分株。在北方地区，移栽时应选择晴天，阳光充足的天气。具体的操作方法如下：首先，选择3~4年生的植株，用刀将根茎分离，剪除残根和病根，每株保留3~4个芽。在夏秋季节分株时，还需将叶片剪掉一部分。将长度为25-30厘米的枝茎进行栽植。栽植时，根茎部分应盖土5厘米以上，并在养护过程中及时加土。分植后，需要适当浇水施肥，春季分株的植株当年就能开花。
种子繁殖是花菖蒲新品种的主要来源。在花期通过人工或自然杂交后，植株结果，可以在1月中旬收获种子，然后立即进行播种。种子也可以放置在0~4℃的环境中，第二年2~3月进行播种，或者在9月中旬进行播种。具体的操作方法如下：选择当年生的种子，在温水中浸泡6~8小时，可以加快萌芽。保持温度在15~25℃，将种子均匀地撒在土中，并盖上2~3厘米的土壤。大约30~40天后，种子就会出苗。当小苗长到10厘米以上时，可以进行上盆。在温室中播种的花菖蒲生长速度较慢，但小苗会保持绿色。如果在冬季进行温室播种，植株可以不休眠越冬，并且能够提前一年开花。
