波斯菊常见的一种病害是叶斑病。该病害的症状表现为叶片上出现椭圆形或长条形的浅红褐色病斑，并周围有退绿圈。随着病情的发展，这些病斑会逐渐扩大并呈现不规则的大斑块，同时在病斑上还会出现黑点。为了防治这种病害，及时去除患病的叶片，并进行及时的药剂喷洒是必要的。可以选择使用50%托布津可湿性粉剂稀释500倍后喷洒。
另一种常见的波斯菊病害是白粉病。该病害会在叶片、嫩茎、花芽和花蕾等部位发作，其明显特征是在受感染的部位长出灰白色的粉状霉层，这是病原菌的孢子和菌丝体形成的。受感染的植株会生长发育受阻，叶片可能会扭曲，无法正常开花或花朵可能会变畸形。病情严重时，叶片会干枯，植株可能会死亡。病原分析显示，白粉病的病原菌是蓼白粉菌，属于子囊菌亚门。这种病原菌的菌丝体存在于叶片的两面，其孢子柱呈柱形，子囊果则呈暗褐色的扁球形。在防治上，适当增施磷肥和钾肥，保持通风和透光是非常重要的。同时，及时剪除患病的植株或感染部位，并进行深埋或烧毁，可以切断病原菌的传播源。必要时，可以在病情初期使用15%粉锈宁可湿性粉剂稀释1500倍后喷洒。
还有一种常见的波斯菊病害是灰霉病。该病害表现为叶苗的颜色较浅，叶片和叶柄受病害侵袭后呈现灰白色的水渍状，组织会逐渐软化腐烂，并在高湿的环境下生长出灰霉。幼茎一般在叶柄基部首先出现不规则的水浸斑，很快会变软腐烂，缩紧或折断，最终导致植株腐烂枯萎死亡。为了防治该病害，可以人工剪除患病的叶片，并进行药剂喷洒。可以选择使用70%甲基托布津可湿性粉剂稀释1000倍后喷洒。
