番茄是一种常见且危害最大的作物病害——晚疫病，在果实和叶子上表现明显。一旦发病，病斑就会从叶子传染到主茎上，导致植株的嫩茎逐渐腐烂，枝叶也会枯死。为了有效防治晚疫病，建议将番茄与非茄科植物轮作种植，至少进行三年。在发病季节，及时摘除已感染的叶片和果实，避免过度浇水，并及时修剪。在病情初期，可使用稀释800到1000倍的百分之七十二霜霉疫净可湿性粉剂进行喷洒防治。
另一种常见的番茄病害是病毒病，它表现为黄顶、丛生和卷曲叶子等症状，通常在干热环境中发生，尤其是蚜虫较多的时候。为了防治病毒病，可以选择抗病的杂交品种，也可以使用未感染病毒的种子进行种植前的消毒处理。在初期发病时，建议使用稀释1000倍的百分之四十粉剂进行喷洒防治，该粉剂应可溶于水。
棉铃虫是番茄的主要害虫，全年都有可能发生，它会啃食植株的果实、花朵甚至幼芽和茎叶。为了及时减少害虫数量，可以在棉铃虫产卵时砍伐植株的分枝和茎顶。另外，在孵化期间可在阳光充足的时候使用30%的触倒乳油或15%的阿维毒乳油以1000到1500倍液进行喷雾防治。
