盆景的修剪需考虑植物自身的生长特性和盆景本身的艺术造型相结合，艺术造型与正常的管理是非常不同的。在进行造型修剪时，首先需要将枝干培养到合适的粗度，然后在第一根枝干上剪掉一小段，等到修剪过的纸条生长出第二枝节时再将其培育到合适的粗度，再依次剪掉一小段，如此类推。然而，需要注意每节保留何等长度，保留多少小枝，都需根据盆景本身的造型来确定，以达到疏密有致的效果，才能赋予盆景画意。
在进行管理修剪时，小叶紫檀宜选择在3-5月生长旺盛时再自然生长一段时间后再进行修剪，以便积累足够的营养物质。对于生长势强的枝芽可以进行修剪，而对于生长较弱的枝芽则应少剪甚至不剪。对于已成熟的小叶紫檀而言，为了保持其盆景造型不变，也需要经常修剪。这样不仅可以保持原有的造型，还可以适当进行一些改变，使其更加美观。
在进行修剪方法上，一般而言，交叉、平行或车轮状的枝条以及不美观的枝条都需要进行修剪，而病枝则必须剪除。而对于密集的枝叶，可以适当进行疏剪，以便增加透风和透光性。然而，不管进行何种修剪，都需要非常慎重。小叶紫檀的生长速度极其缓慢，数百年才能成材，因此非常珍贵。正如常言所说，十株小叶紫檀中，有九株是空的。因此，除非情况必要，不建议任意进行修剪。
