一、根茎区别
石菖蒲的根茎粗度约为2-5mm，具有淡淡的芳香，呈淡褐色，根茎质地肉质，上面覆盖着许多须根，节间通常长度为3-5mm。
水菖蒲的根茎呈横走状，粗度约为5-10mm，同样具有芳香，但颜色为黄褐色。它的肉质根茎长度约为5-6cm，须根呈毛发状。
二、叶子区别
石菖蒲的叶子很薄且线形，长度大约为20-30cm，有时可达到50cm。叶色为暗绿色，没有突出的中肋。
水菖蒲的叶子为剑状线形，稍长一些，长度约为90-150cm。叶子呈绿色，非常光亮，有明显的中肋。
三、习性区别
石菖蒲喜欢在半阴的环境下生长，不喜欢阳光直接照射，喜欢湿润的环境。
水菖蒲同样喜欢湿润的生长环境，偏爱温暖，要求环境温度保持在20-25℃左右。
