这两种枸杞在外观上有明显区别。黑枸杞的果实呈黑紫色，形状扁圆且带有小果柄；而红枸杞的果实呈长圆形，外观为红色，没有果柄。
在食用方法上也有一些差异。由于黑枸杞富含花青素，高温会导致花青素流失和营养成分的破坏，因此一般直接食用或者用温水泡水喝，水温不能太高。而红枸杞则不太会受到高温的影响，可以直接泡水喝，也可用于泡酒、熬汤、煮粥等多种方式。
两者的功效和作用也略有不同。野生的黑枸杞个头较小，含糖量比红枸杞低，因此在直接咀嚼食用时口感没有红枸杞那么甜，但其营养价值更高。黑枸杞被誉为“滋补软黄金”，含有100多种对人体有益的营养物质，具有高药用价值，甚至有助于治疗恶性疾病。
红枸杞具有广泛的用途，具备滋阴补血的养身作用，但对于恶性疾病的帮助程度不如黑枸杞。相比之下，红枸杞的营养价值相对较低，花青素含量也较少，这也是黑枸杞价格普遍高于红枸杞的原因之一。
