基肥在牡丹种植中具有重要作用，可以选择粪肥、饼肥和堆肥等进行施用。花前肥一般在10月上旬施放，这个时期施用的肥料对牡丹当年的开花有重要影响，被许多养花专家称为“促花肥”。适合施用的肥料主要是经过腐熟的饼肥或磷肥。花后肥一般在牡丹开花后的半个月内施放，这个时期施用的肥料可以促使牡丹的开花数量增加，对于来年的开花情况有直接的关联，包括花的数量、颜色和大小等。适合施用的肥料是经过腐熟的饼肥或复合肥。越冬肥在冬季来临之前施放，通常与浇水同时进行。这次施肥可以增加土壤的温度，对牡丹的越冬有很大的帮助。适合施用的肥料仍以有机肥为主。
在每次施肥后，要及时浇水，浇水量要根据当时的环境条件来决定。如果天气非常干旱，每天至少要浇水一次，但要避免积水。牡丹对肥料较为喜欢，因此每年至少需要施肥3次。施肥时可以结合松土、浇水和除草一起进行。在牡丹花开前还可以进行追肥，追肥会对花朵的开放产生良好效果。
