大花金鸡菊常见虫害包括蚜虫、地老虎和蛴螬。蚜虫常集中在嫩芽、嫩叶、嫩枝上刺吸植株的汁液，导致受害部位萎缩变形，还会分泌蜜露污染植株并引发其他病害。对于防治蚜虫，可以用万灵600～800倍液或25％鱼藤油速扑杀800～1000倍液进行喷杀。速扑杀是一种有机磷杀虫剂，具有广谱性和触杀、胃毒、强渗透作用，可以渗入植物组织内，对于咀嚼式和刺吸式口器害虫具有良好的防治效果。每周喷一次，连续进行2～3次。
地老虎是常见的大花金鸡菊虫害之一，尤其在砂质土壤中比较严重。早春时，地老虎会危害根芽，有些会咬断根茎，有些会从地下啃食萌芽，导致植株大片死亡。为了防治地老虎，除了常用的毒液诱杀外，还可以使用呋喃丹颗粒进行沟施或穴施。每亩使用量为1500-2000克。呋喃丹颗粒的残效期较长，施药后7-8周可以有效防止危害的发生。
蛴螬是金龟甲的幼虫，它是一种多食性害虫，危害多种植物和蔬菜。其中植食性蛴螬对于农作物、经济作物和花卉苗木的危害较大，喜食刚播种的种子、根、块茎和幼苗。为了防治蛴螬，大花金鸡菊的播种苗出苗后需要密切观察，以免蛴螬啃食小苗的茎杆。为减轻蛴螬的危害，可以适当调整茬口，并进行合理施肥。施用的农家肥应充分腐熟，以免将蛴螬幼虫和卵带入菜田，并且能促进作物强壮生长，增强耐害能力。此外，蛴螬喜食腐熟的农家肥，可以减轻其为害程度。另外，可以使用50%辛硫磷乳油拌种，按照辛硫磷、水和种子的比例1：50：600进行，以防患于未然。
