高山榕常常遭受叶面病害的困扰，包括白粉病、煤烟病、叶斑病和黄化病等。当发病时，叶子会出现黑色或褐色的小斑点，或者叶子会卷曲变形，甚至出现叶片泛黄干枯的情况，有时甚至会导致叶片脱落。诊断出是叶斑病后，应及时剪除受侵害的叶片，并进行喷药处理；而对于其他病害，可以直接使用药物喷洒，严重情况下还需要进行修剪或截枝处理，以免病害进一步蔓延。
高山榕还容易受到介壳虫等虫害的侵袭，这些虫子主要通过吸食植株的汁液来获取养分，被它们蚕食的植株容易引发其他病害，并且会对植物的生长造成威胁。一旦发现虫害，应立即进行喷杀，并摘除受害严重的部位。如果根部被虫害引起其他严重病害，需要进行换盆换土，将受害部位完全切除，并在伤口处喷洒杀菌剂，更换土壤时要尽量清理根部携带的原土。
在冬季，应修剪并清理掉所有被病虫害侵蚀的枝叶，最好将它们全部烧毁；之后需要翻土，以减少病虫害在冬季越冬的可能性。被剔除的土壤应尽量避免再次使用，如果有需要使用，先进行消毒处理，然后在阳光下暴晒数天。
