凤眼蓝造成生态破坏的一个重要原因是它的繁殖能力强大。一旦凤眼蓝在适宜的环境中生长，它会大量繁殖并成为优势物种，影响其他物种的生长。长期下去，该地区的生态多样性将会受到破坏，物种的单一化现象会出现。一个地区的生态平衡对于维持生态系统的稳定十分重要，各物种之间相互依赖、相互制约才能保持平衡。然而，凤眼蓝的疯狂生长很大程度上会破坏该地区的平衡，剥夺其他生物的生存空间，导致某些物种濒临灭绝。
当凤眼蓝生长旺盛时，会迅速覆盖整个水域，使水面呈现绿色。这会阻碍水中和大气之间的气体交换，阻碍光线的传递，并增加CO2的浓度，对水生生物产生影响。
另外，凤眼蓝的疯长也会堵塞河道。由于凤眼蓝大量繁殖，植株不断增多，很快就会覆盖整个河道。严重时，凤眼蓝的密度甚至足以让人行走在其上，对水运造成影响。此外，过度繁殖的凤眼蓝还可能堵塞自来水厂的生产设备，影响自来水的供应。
针对凤眼蓝的危害治理，使用除草剂等方式效果不佳，既污染环境又费用高昂。一种无污染的方法是引入凤眼蓝的天敌，如儒艮等，以达到较好的治理效果。
