花菱草常见的病害之一是黑腐病。黑腐病主要对叶片造成危害，从下部叶片开始扩展到上部叶片。叶片表面出现黄变，背面有灰白色的病斑，并且有大量的灰白色霉层。随后，叶片表面也会产生霉层，最终导致叶片卷曲干枯，影响果实的生长和着色。此外，花菱草的根部也会腐烂，茎杆会出现黑腐。这主要是因为花菱草对水涝敏感，当天气阴雨连绵时，容易发生黑腐病。在南方的春天和珠三角地区的6-7月份，花菱草黑腐病的发病率较高。
对于花菱草黑腐病的防治方法，需要及时剪除整株萎蔫、根系病变严重的植株，对病穴进行重点杀菌处理。同时要控制浇水的频率，保持盆土的干燥。可以使用多菌灵500至600倍液进行灌盆，确保植株的根系完全被液体覆盖。
花菱草还常见一种虫害，那就是白粉虱。白粉虱的食性很广，可以危害多种蔬菜、多肉和草本植物。主要以若虫为害，聚集在花菱草的叶背面吸取汁液，导致叶片褪色、变黄、萎蔫，严重时会导致植株死亡。白粉虱还会分泌密露，污染叶片，引起霉菌感染，影响植株的光合作用，进而影响开花和结果。
对于白粉虱的防治方法，可以摘除老叶并烧毁，因为老龄若虫多分布在下部叶片上。此外，可以使用25%噻嗪酮(扑虱灵)可湿性粉剂，或者使用2.5%溴氰菊酯或20%氰戊菊酯（速灭杀丁）乳油2000倍液进行喷雾，每隔6~7天喷一次，连续防治3次。还可以使用烟雾剂进行熏蒸，连续进行2-3次。
