圣女果与番茄在外形上有一些区别。首先，圣女果的根部比较发达，有许多侧根，大部分分布在土壤表层的30厘米深处。它们的茎会自然地向上攀爬，整个植株的高度大约超过2米。
而番茄植株全体都有腺毛，茎常容易倒伏，散发着强烈的气味。相对而言，番茄的植株较为矮小，约0.6-2米高。
在果实方面，圣女果的外观较为鲜艳，一般为鲜红色，也有黄色、红色、绿色等不同的颜色。单个果实的重量约为10-30克，多为圆球形，种子比番茄的种子小很多，形状呈心形。
番茄果实呈扁球状或近似球状，颜色为桔黄色或鲜红色，表面相对较光滑。与圣女果相比，番茄的果实普遍要大得多，大约是圣女果的几倍大小。
