水培方式的根部呼吸受阻主要是因为水位过高。在水培初期，水位应保持在根的底部，待根长出后，水位要低于根茎，以给予根茎足够的生长空间。此外，水培风信子对水质要求较高。如果球根长期处于污浊的环境中，容易发生腐烂。解决这种问题的方法通常有两种。一种是经常更换水，保持水的清洁；另一种是只添加水而不更换。然而，这两种方法各有利弊。经常更换水会损伤根系，不利于生长，而只添加水而不更换会导致水质变差。此外，水培风信子在生长初期会加少量营养液，以促进根系的生长，但在根系正常生长后，只需更换清水即可。另外，为了提供充足的生长空间，水培风信子需要适当的氧气供应。一般的水培容器在购买时会有透气口，以确保球茎能够呼吸。对于烂根的挽救方法，如果只是根部烂掉，可以将腐烂的根系清理干净，并使用高锰酸钾溶液进行消毒,然后在阴凉处晾干后重新进行土栽，不要再进行水培。如果球茎也腐烂了，必须将发霉部分清洗干净，剥掉烂掉的部分，仔细检查周围是否有腐烂痕迹，然后进行消毒晾干后重新栽种。
