万寿菊经常会受到斑枯病的侵袭，这种病害是由真菌引起的，尤其在高温多雨的潮湿天气中容易发生。当受到斑枯病的感染时，万寿菊的叶片会出现斑点，并且这些斑点会逐渐扩大增多。严重的情况下，叶片会变黄，发黑并变得干枯，最终最终会脱落。为了防治斑枯病，日常管理中要保持良好的通风条件，并且做好水肥管理。如果发现受感染的叶片，可以及时将其摘除，并且可以喷洒50%托布津1000倍液或多菌灵800倍液进行治疗。此外，还可以使用10%波尔多液进行喷洒，每隔10天喷洒1次，连续进行3到4次，这样可以有效控制病害的发生。
万寿菊的立枯病主要发生在育苗期，当受到感染时，茎基部会产生椭圆形的褐色小斑点，这些病斑会逐渐扩大，导致茎部枯死，从而导致幼苗死亡。对于立枯病的防治，可以使用50%多菌灵或50%代森锰锌1000倍液进行喷洒治疗，并且每隔7到10天进行1次喷洒。
当万寿菊患上白粉病时，通常是在湿度较大、光线不足且通风条件不佳的情况下容易感染。在发病时，万寿菊的叶片、茎、枝和花蕾上会生长出白色的粉状物，而叶片也会枯萎无法开花。为了防治白粉病，必须确保生长环境具有良好的通风条件，相对较低的空气湿度。在万寿菊生长期间，可以使用甲基50%托布津800～1000倍液或二硝散200倍液进行喷雾防治。
万寿菊还容易受到蚜虫的害虫危害，尤其是淡茶褐色和青绿色蚜虫比较常见。为了防治蚜虫，必须随时观察植株的生长状况，并及时采取措施进行防治。一旦发现蚜虫，可以使用10%吡虫啉4000～6000倍液进行喷施。
此外，万寿菊还容易受到潜叶蛾的害虫侵袭，它们的幼虫会吃掉叶子，严重时会导致整个叶片干黄枯死。要防治潜叶蛾，可以及早摘除被害叶片，并且在严重情况下可以使用40%氧化乐果等内吸性杀虫剂进行喷雾防治。
