水培养殖君子兰时水的选择非常关键，不能直接使用自来水。可以将自来水装入透明容器中，暴晒在阳光下，以使水中的杂质沉淀。水的颜色转变为绿色较为理想。处理过滤后的水后，水位要适中，太高会导致君子兰的假鳞茎被淹没，导致腐烂；太浅则会影响充足的水分供应。
水质也是水培君子兰时需要注意的重要因素，水质差会对君子兰的生长不利，同时也会缺乏氧气和肥料。因此，需要定期更换水。此外，长时间水培会出现青苔，影响根部呼吸，需定时轻刷除去。另外，还需经常检查水培容器中是否含有足够的氧气。简单的方法是放入几条小鱼观察其活动情况，如果小鱼总是浮出水面，则说明氧气不足，需要及时补充氧气。
此外，保持适宜的水温也是水培时的重要注意事项，这样植株才能正常生长。
