广玉兰受炭疽病威胁，主要是成叶和老叶，病斑从叶尖和叶缘处开始。炭疽病初期表现为不规则的病斑，逐渐扩大，甚至可能覆盖整个叶片的四分之一。多雨潮湿的天气会使炭疽病更加严重。为防治炭疽病，可在病症初期喷施1:100波尔多液进行防治。
广玉兰也容易发生叶斑病，初期病斑呈褐色圆斑，不断扩大，内部灰白色，外缘红褐色。后期病斑会干枯，并长出黑色颗粒。叶斑病多在雨水和高温干燥条件下爆发。为防治叶斑病，应定期清除病残体并烧毁，同时喷洒多菌灵、甲基托布津等杀菌剂进行消毒。
草履蚧一年通常会发生两代，7月和9月是高峰期。草履蚧寄生在芽腋、嫩梢、叶片和枝干上，对植物造成巨大威胁。适宜的防治时期是4月上旬到中旬和8月中旬到下旬，此时进行防治效果最好。可选择花保、蚍虫啉等药剂进行防治。
在5月到8月期间，广玉兰容易受台湾乳白蚁的侵害。防治台湾乳白蚁的方法包括在蚁道放置诱杀剂如“蚁克”，避免树木的机械损伤，以及加强养护管理并及时修补树木。
干腐病多发生在广玉兰的1-2年生枝杆上，发病初期皮层会软化脱落。随着病情的恶化，广玉兰表皮会干枯，皮下部分变黑褐色，并且长出黑色小点。修剪枝条时需注意保护伤口，可以涂抹保护剂。发病后可使用70%托布津800倍液进行防治。
链格孢灰斑病对广玉兰也具有很大的危害。病斑边缘呈黑色，中心白色至灰白色，黑色霉丛会逐渐扩大。防治链格孢灰斑病的方法包括及时清除病残体并深埋或烧毁，发病初期喷洒75%百菌清可湿性粉剂600倍液每10天喷洒一次，通常需要喷洒3-4次。
斑点病是广玉兰常见病害之一，在发病初期叶子上会出现小圆斑，呈黄色或浅褐色，病斑逐渐扩大，后期还会长出黑色小粒点。严重的时候会导致叶子掉落。防治斑点病的方法包括及时剪除病叶并深埋或烧毁，减少初侵染源，发病初期喷洒20%龙克菌悬浮剂500倍液。
