昌吉位于大陆性干旱气候带，极具典型性。其气候特点主要体现在冬季寒冷、夏季炎热、昼夜温差大等方面。此外，昌吉日照充足，年日照时数达到2700小时。年平均气温为6.8℃，年平均降水量约为190毫米，夏季的降水量较冬季明显增多。另外，昌吉的无霜期为160-190天。
昌吉的气候条件对于种植一些具有耐旱和耐寒能力的植物非常适合。特别是对于地栽种植来说，由于地域的影响较为严重，建议选择金鸡菊、萱草、玉簪、薰衣草、牡丹、蒲公英、蔷薇、龙胆草、黑心菊、二月兰、风铃草、蜀葵、丁香、勿忘我、松果菊、黄杨、虞美人、火炬花、石竹、芍药和矢车菊等植物。
如果想要在室内盆栽植物，方便管理且不受地域影响较大，几乎可以种植任何喜欢的植物，包括南方花卉。栀子花、茉莉花、文竹、散尾葵、滴水观音、金钱树、薄荷、万年青、蟹爪兰、发财树、观音竹、仙人掌、仙人球以及各种多肉植物等都是可行的选择。在入冬后，将这些植物搬到室内，并合理控温，需要勤浇水和喷洒水，以保持它们的正常生长。
关于昌吉的市花和市树，目前尚未明确。
