一、叶子的不同之处在于菜瓜的叶子是互生的，叶片形状大多为卵圆形或肾形，宽度与长度相当。而黄瓜的叶柄稍粗，表面有粗糙的硬毛，长度大约在10到16厘米之间，叶片则呈宽卵状心形，质地薄而柔软，长宽分别约为7到20厘米，叶子表面粗糙，覆有硬绒毛。叶子上有3到5个角或浅裂，裂片形状呈三角形，带有锯齿，叶尖是尖或半尖的，叶基则呈弯曲的半圆形。
二、花朵的区别在于菜瓜的花朵是单独生长或者有时聚集成簇，颜色一般呈黄色。而黄瓜的花朵则是在叶腋处成簇生长，花冠的颜色为黄白色，长度约为2厘米，花冠裂片的形状则类似于长圆形的披针。
三、果实的区别则体现在菜瓜的果实多为肉质，形状为长圆筒形或椭圆形，外皮光滑，有纵向的细长线条，果皮的颜色为绿白色或淡绿色，果肉呈白色或淡绿色，多汁而脆。而黄瓜的果实则呈长圆形，长度一般在10到30厘米之间，颜色为黄绿色，表面粗糙，有尖状的瘤状凸起。
