银杏常见的害虫之一是银杏大蚕蛾。当虫害严重时，大蚕蛾会把银杏的叶子吃光，导致树冠变得光秃，不仅影响产量，还会对第二年的开花结实产生不利影响。为了防治这种害虫，可以在7月中下旬对老熟幼虫进行人工捕杀，并将它们的茧烧毁。在冬季可以人工摘除卵块。另外，在雌蚕蛾产卵之前的9月，可以使用黑光灯来诱杀成虫。对于幼虫，可以使用25%杀虫双500倍液等进行喷杀。
银杏还常见银杏超小卷叶蛾的虫害。一般来说，幼虫通过蛀入短枝和生长枝，导致短枝上的叶果全部枯死脱落，长枝也可能会枯断。为了防治这种虫害，可以在4月份清晨进行人工捕杀成虫。同时，还可以剪除被害枝，并进行集中烧毁，以消灭其中的幼虫，减少危害。此外，增强管理，提高树体抗性也是有效的防治方法。在危害期可以喷洒80％敌敌畏800倍与40%氧化乐果混合液1000倍液。
另外一个常见的银杏虫害是白蚁。白蚁是主干的害虫，它们会蛀食树干的木质部分，导致银杏无法正常获取水分供应。为了防治白蚁，首先需要确定蚁巢的位置，可以通过观察白蚁的排泄物和通气孔来判断。然后，可以钻孔，并向内注入10毫升左右的杀虫剂，如10%灭蚁灵。一般在施药后的3-7天，白蚁群体就可以完全死亡。
还有一种常见的虫害是茶黄蓟马。它们多在6-8月活动。成虫通常聚集在叶子的背面吸食嫩叶汁液，使叶片失去绿色，变为灰白色。严重时，叶片会干枯掉落。为了防治茶黄蓟马，可以喷施50%辛硫磷或速灭杀丁3000倍液，也可以使用40%氧化乐果乳油1000倍液进行喷杀。一般在6月中旬进行第一次喷杀，第二次则在7月中下旬进行。虫害不严重时，喷两次即可有效控制。
