柳穿鱼和金鱼草在叶片上有明显区别。柳穿鱼的叶片大多呈条形，长约2-6厘米，宽约2-4毫米，多数互生，少数下部的轮生，上部的互生。而金鱼草的叶片下部对生，上部互生，呈披针形后至矩圆状披针形，大小与柳穿鱼相近，边缘则呈全缘。
此外，柳穿鱼的茎无毛，较为直立，通常在上部分枝。相比之下，金鱼草的茎基部无毛，而中上部则长有腺毛，有时基部也会分枝。
至于花朵的区别，柳穿鱼的花为总状花序，苞片为条形到狭披针形，花萼裂片呈披针形，花冠则为黄色。与之相对，金鱼草的花萼分裂成5片，裂片为卵形，而花冠的颜色则有多样性，从红色或紫色变化至白色。
综上所述，柳穿鱼和金鱼草在叶片、茎和花朵方面都有明显的区别。
