麦冬草遭受根结线虫病的困扰，根部会出现大小不一的根结，并且上面还会生长毛根。毛根的末端会再次被线虫侵染，形成新的小根结，如此循环。当根结被切开后，可以看到发亮的白色球状物体，那就是雌成虫。预防和治理该病的方法包括：在种植时选择健康无病虫害的种苗，并且注意避免带有虫害的种苗；避免与烟草等其他植物轮作，可以选择禾本科作物进行轮作；在种植前在土壤中混合5%克线磷颗粒剂，然后进行栽种。
另外，麦冬草还会遭受黑斑病的侵扰。该病最初会导致叶片发黄，并逐渐向基部蔓延，随后会产生青、白、黄等水浸状的病斑，影响叶片的生长和美观。一旦感染黑斑病，该病将持续至次年，继续对植株的生长造成影响，尤其是在雨季容易发病。预防和治理该病的方法包括：在冬季清理枯株和病叶，进行修剪，然后予以处理；在病情发生期使用波尔多液或多菌灵喷施，比例为1:200，每隔10天进行一次喷施，连续喷洒3次左右。
此外，麦冬草还会遭受蝼蛄病的侵害。该病虫害的成虫和幼虫都会咬食苗根，影响植株的生长。预防和治理该病的方法包括：在盆土上撒布5%辛硫磷颗粒剂3公斤或5%甲基异硫磷颗粒剂，直到虫害死亡，停止撒布；或者使用香料引诱蝼蛄，然后杀死它们。
