菌核病是一种危害藏红花球茎和幼苗的病害，特别是在夏季种球贮藏不当时容易发生病变，导致整个种球腐烂。为了预防和控制该病害，需要采取以下防治方法。首先，在贮藏球茎时必须剔除受伤或有病的球茎，以防止球茎变质和病菌的感染和蔓延。其次，可以使用50%托布津可湿粉剂500倍液进行喷洒防治。
花叶病是另一种常见的藏红花病害，其病症表现为叶型扭曲、叶片出现黄色条斑、植株矮化，后期叶片上出现不规则坏死斑或条点。严重感染的植株在开花期表现为花型小，几乎不开花。这种病害一旦发生，很难根治，植株的寿命也会受到影响。为了预防花叶病，可以采取如下措施。首先，在种植时选择质量优良的种球，具有较强的抗病性，种球表皮没有病斑。在养护过程中，经常喷洒消毒药剂杀菌，并将植株放在阴凉通风处进行养护。同时要及时补充养分，增强植株的抗病能力。
锈病是藏红花另一种常见的病害，主要危害叶片，尤其是叶背面。病害会导致叶片出现锈色斑点，影响植株的观赏价值。为了预防和控制锈病，可以采取以下防治方法。首先，在种植前对种子或种球进行消毒处理，可以使用15%粉锈宁进行拌种。在养护期间，需要增加磷钾肥的施用量，促使植株茁壮生长，提高抗病能力。定期清理枯枝败叶，花后将残花剪掉。同时，发现病叶要及时摘除，以免感染其他植株。对于发病初期，可以喷洒15%粉锈宁500倍液1-2次；在发病期间，可以喷洒97%敌锈钠300-400倍液，每隔10天喷洒1次，连续喷洒2-3次即可。
根腐病是由根腐病菌引起的病害，可以在藏红花的整个生长期发生，尤其是在幼苗期和开花期发病比较严重。一旦植株感染了该病害，会出现萎蔫的症状，植株呈浅黄色，最终死亡。为了预防和控制根腐病，可以采取以下防治方法。发现病株时要及时将其拔除并焚烧，以防止传染给周围的植株。在病株的栽培孔中撒一些生石灰或呋喃丹。建议在植株发生腐烂根后，更换土壤并重新种植其他植株。
