卷丹青霉病是一种在贮藏过程中出现的病害。当鳞片上出现腐烂的斑点时，白色斑点会长出，并且随后会长出绿兰色的绒毛状斑块。被侵染后的卷丹在低温（-2℃）下会加速腐烂的过程。最终，病菌会侵入到鳞茎的基盘，导致植株生长速度减慢。尽管鳞茎看起来不健康，但只要基盘完整，植株的生长不会受到影响。此外，该病害不会通过茎杆或者土壤传播到其他植株上。
预防和治理卷丹青霉病的方法包括：不要种植被侵害基盘的鳞茎，将种球保存在推荐的最低温度下，对于受感染的种球，在种植之前必须先用千分之一的杀菌剂水溶液进行浸泡30分钟，然后再进行定植。定植后，保持适宜的土壤温度。
卷丹疫霉菌是另一种病害，植株脚腐会阻碍卷丹的生长，严重情况下会导致枯萎。被感染的茎基部会产生软腐，呈暗绿色至黑褐色，并向上扩展，叶子也会变黄。地面茎部也常发生类似软腐的感染，导致茎部弯曲或倒伏。
预防和治理卷丹疫霉菌的方法包括：使用土壤消毒剂对土壤进行消毒；在栽培过程中使用能抑制腐霉菌的杀菌剂也是有效的措施；确保土壤排水良好；避免作物处于持续潮湿的状态；在夏季尽量降低土壤温度。
卷丹落蕾干缩是另一种症状。当花蕾长到1~2厘米时，花蕾会脱落。落蕾的特征是花蕾变成淡绿色，与茎相连的花梗缩短，并最终脱落。春季时低位的花蕾首先受到影响，而在秋季高位的花蕾会首先脱落。
预防和治理卷丹落蕾干缩的方法包括：避免将易落蕾品种种植在光照不足的地方；在栽培期间，要保持鳞茎的湿润，以防止花蕾干缩发生。确保鳞茎的根系良好，并为其提供适宜的环境条件，特别是要注意光照和蒸腾的水分交换。
