爪哇木棉和美丽异木棉的叶子在形态上有所区别。爪哇木棉的小叶数目在5到9枚之间，呈长圆披针形，短而渐尖，基部逐渐变尖，长约5到16厘米，宽约1.5到4.5厘米。它的叶子边缘整齐，或者在顶端附近有少量细锯齿。叶子的两面都没有毛发，背面呈现白霜状，叶柄约长7到14厘米。
相比之下，美丽异木棉的叶子呈互生排列，为掌状复叶，一般包含3到7片小叶，但多数为5片。这些小叶大多呈倒卵状长椭圆形或卵圆形，集中在中部的小叶较大，长约7到14厘米。叶子的上半部分有锯齿状边缘，先端可能突尖或渐尖，基部则呈楔形。
除了叶子的形态差异，两种木棉在花朵上也有区别。爪哇木棉的花朵通常聚集在上部叶腋间，花梗长约2.5到5厘米，有时也可能独自生长。花瓣呈倒卵状长圆形，长度在2.5到4厘米之间。
另一方面，美丽异木棉的花朵相对较大，可能在枝端腋生1到3朵，或者聚生数朵。这些花朵略带芳香，花萼呈杯状，呈绿色。花瓣数目为5，颜色为粉红色或红色，基部带有黄色或白色，并且有紫斑。也有些花朵完全呈白色但内部带有黄色，花瓣边缘呈波状并略微向外卷曲。
综上所述，爪哇木棉和美丽异木棉在叶子和花朵方面存在一些明显差异。
