梦幻的睫毛 DNA 被提取出来，用于创造出了最强的超梦神奇宝贝，超梦可以被视为人工克隆的产物。同时，梦幻也在新岛周围出现，与此同时，超梦通过与自己的克隆体进行对战，来测试这些初学者宝可梦的能力。超梦摧毁了自己被创造的实验室后，被火箭队首领坂木所说服，坂木声称自己能帮助超梦控制自己的能力。然而实际上，坂木将超梦当作武器利用。在摆脱了坂木的控制后，超梦开始质疑自己的存在，并决定向自己的创造者复仇。为了达到这个目的，超梦邀请了一些训练师，其中包括电影主角小智，来到了自己的岛屿并计划克隆他们的宝可梦。该计划一旦成功，战斗局势变得更加激烈：原生体与克隆体之间进行对战以决出胜负，超梦本身也与梦幻展开了激烈的对决。小智为了平息争斗牺牲了自己，但随后复活了。看到小智舍身阻止原生体与复制体之间的战争，并被石化的模样感动了交战双方，超梦意识到原生体和复制体都是真实的生命存在。因此，超梦决定放下憎恨，抹去了小智等人的记忆，带领着复制体同伴展开了寻找新家园的旅程。
