长门欲利用自己的力量解决忍界的动荡局势，以暴制暴的方式。然而，自来也对此不予接受。为了追溯晓组织头目的真相，自来也潜入雨忍村，并发现山椒鱼半藏已经去世，佩恩成为了新的首领。好奇心驱使下，自来也设法引出了小南。在与一个佩恩对峙时，自来也错误地将其误认为长门，问长门为何发动战斗。长门表示希望利用自身强大的力量毁灭世界，以此使人们不再为了生存而战斗，相互帮助。然而，自来也坚决反对这种做法。经过一番激战后，自来也决定动用仙人模式与徒弟交战，而长门也召唤了其他两个佩恩。三位佩恩分别具备独特的能力，佩恩吸收了自来也的所有忍术，使自来也处于忍术无效的困境下。在撤退途中，得到蛤蟆仙人的建议后，自来也采取了幻术，本以为事情会就此结束。然而，随后另一个佩恩出现，将自来也的手臂打断，将其击飞了十几米。自来也终于认识到了佩恩的真实身份，但因喉咙受损无法发声。他留下了暗号于蛤蟆背上，并最终沉入了大海。
