自来也在漫画第353话“自来也豪杰物语”中离世。在这一话中，自来也被自己的学生长门所杀。长门使用轮回眼创造出佩恩六道，自来也前往雨忍村调查晓组织的秘密，却发现长门就是晓组织的首领。长门试图通过痛苦实现真正的和平，但自来也对此提出反对，并决定与他对抗。然而，佩恩的实力十分强大，自来也对敌人的能力一无所知，一直处于劣势。之后，自来也与蛤蟆仙人合作使用幻术控制佩恩，并将长门困住。自来也告诉长门他弄错了方向，他并不是预言中的救世主。接着，自来也用大刀切开佩恩的肚子以结束战斗，然而却意外发现另一个佩恩出现，打断了自己的手臂。自来也随后揭开了佩恩的秘密，但在他要说出来之际，他的喉咙被捏碎，身体被金属棒贯穿，自来也在临死前思绪落到了鸣人的意志。蛤蟆仙人跃到他面前，自来也用尽最后一丝力气写下了暗号，然后尸体沉入了大海。
