《太子妃升职记》在网上传开了三个不同的结局，其中之一让人震惊不已。原来张鹏在现实中醒来时，才意识到齐晟是自己的意识被植入进去的，他是一位脑科医生通过脑复苏刺激的方式实现了这一切。
结局一：情节发展至齐晟和张芃芃被刺杀后，张芃芃的灵魂回到了现代，同时张鹏的身体也康复了。而当他醒来时，才发现自己内心的灵魂是齐晟的。此刻，张鹏回忆起与张芃芃在过去点点滴滴的时光。在画面跳转的瞬间，张鹏和齐晟同时出现在一起，这个镜头暗示了齐晟的灵魂也穿越到了张鹏的身体里。至于女主张芃芃（张鹏），她并未现身，为故事留下了悬念。
结局二：齐晟和张芃芃并未被刺杀，但当张芃芃看到地上的心形鲜花时，她幸福感爆棚，意识突然回到了现代（或许导演企图在此创造出一种庄周梦蝶的意境，毕竟美梦总会醒来）。醒来后，张鹏在病房门口遇见了一个和齐晟一模一样的男医生。
结局三：故事情节和前面相同，两个人死了，但在幻境中张芃芃竟然复活了。她开始寻找男主角，最终发现了身穿战袍的男主。他们准备接吻时，导演却叫两位配角（实际上就是男女主角）退到一旁，不要妨碍他们拍戏！于是，画面转变，男女主角换上现代服装，在街头摆出接吻的姿势。而之前扮演小妾太监的演员则穿着现代服装站在一旁观看。
