《九州海上牧云记》的结局是牧云笙成为了皇帝，寒江被流放，南枯月并没有死亡。合戈登基刚刚登基就被虞心忌暗杀，这让人们对剧情有些失望，希望能有更多的发展。南枯明自杀了，这让大家感到沮丧，但是一个江山不能没有皇帝，最终牧云笙称帝，结局并没有激烈的战斗场面，非常平静。
剧中有许多感情故事，但很多人都以失败告终。其中，兰钰儿是唯一一个在感情上取得了成功的人。尽管感情的道路上困难重重，他最终获得了穆云德的爱，两人走到了一起，成为了电视剧中唯一的情侣。
说实话，看完整部电视剧后，感觉只有兰钰儿是人生的赢家，毕竟他拥有幸福的生活，有自己的家庭，甚至可能还会有自己的孩子。他们的感情也相当强大，尽管可能有很多观众并不支持他们在一起，但电视剧的结局就是如此。
剧中唯一的女反派虽然没有死，却与一个掌柜走到了一起，逐渐变成了好人，并开始了自己幸福的生活。我们在看电视剧时可能与我们的想法不一致，也许结局并不完美，但我们必须承认，结局是根据剧情逐渐发展的。我们无法改变任何事情，只能慢慢体会。
对于这部电视剧，有些网友支持，但也有些网友反对，认为结局并不十分完美，毕竟感情戏份较少，最终走到一起的情侣也很少。要满足大众的口味并不容易，而在精选优秀作品的过程中，这部电视剧确实是非常出色的选择。
