在鸣人与佩恩的激烈战斗中，佩恩被打败了，但他的真身并不在此处。鸣人前往寻找长门，最终长门改过自新，利用轮回天生之术复活了木叶村的人们。在第389话中，最后一个佩因也被鸣人击败。鸣人利用佩因身上的查克拉接收器找到长门，自来也的两个弟子终于见面了。当鸣人见到长门的那一刻，他对长门对自己村子所犯下的罪行无法原谅，同时也想知道同为自来也的徒弟，长门为何会残忍地杀害木叶的人们，是怎样的过去扭曲了长门对自来也的信任。原来，长门还是个孩子的时候，雨隐村卷入了大国之间的战争，长门的父母被木叶忍者误杀，从那时起，长门走上了漂泊的道路。后来，他遇见了小南和弥彦，三人加一只狗开始依靠偷东西来维持生活。在生活极度困苦的时候，弥彦依然对未来充满希望，他希望有一天能征服世界。最终，当他们依靠的小狗死去后，他们开始追寻木叶三忍的踪迹。然而，弥彦去世后，长门代替他成为组织的首领，为了实现他们的目标，组织的成员接连牺牲，长门认为只要人类存在，憎恨就无法消除，自来也的理念根本不切实际。鸣人听完长门的故事后，虽然能理解他的行为，但仍无法原谅他的罪行。然而，他是自来也的徒弟，自来也将希望寄托在他身上，他必须相信自来也所相信的东西。当鸣人得知面前的人是他时，展示出的决心让长门做出了一个惊人的决定。长门耗尽自己的查克拉，将在这次战争中阵亡的木叶村民全部复活，但却以此为代价而死去。小南带着长门和弥彦的遗体离开了晓组织，并表示将相信鸣人，与他一起追逐长门和弥彦的梦想，希望鸣人能开启永不凋谢的花。鸣人与师父告别后，终于回到了村子，如今鸣人最终赢得了全村人们的认可。
