柯南大结局名为《黑暗组织的秘密》，随着调查的深入，工藤优作意识到黑暗组织的庞大，于是他请求国际刑警的帮助。在日本警方和柯南的协助下，他们多次成功阻止了黑暗组织的活动，这激怒了黑暗组织。为了报复，黑暗组织袭击了阿笠博士的家，并抓住了少年侦探团，留下了工藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份，并威胁要制作缩小药的解药，以求救少年侦探团的生命。聪明绝顶的哀在一天内制作出了解药和假死丸，并巧妙地将胖子的毒药替换成了假死丸。当Gin拿到解药后，他命令胖子杀死阿笠和少年侦探团。
