自来也在《火影忍者》第353话“自来也豪杰物语”中英勇牺牲。这一集中，他被自己的亲传弟子长门所杀害。长门利用自己的轮回眼能力制造了佩恩六道，而自来也为了揭开晓组织的秘密而前往雨忍村进行调查。他在调查过程中惊讶地发现，自己的徒弟长门竟然成为了晓组织的首领。自来也下定决心要击败长门，但是佩恩的实力极为强大，自来也对敌人的能力一无所知，一直处于下风。
随后，自来也与蛤蟆仙人配合，使用了幻术将佩恩暂时控制住，同时也困住了长门。在一番激烈的交战之后，自来也用大刀将佩恩的腹部划开，以为这样就可以结束战斗。然而，他万万没想到，另一个佩恩出现了，并且打断了自来也的手臂。
在接下来的战斗中，自来也终于揭示了佩恩的秘密，就在他准备说出来之际，他的喉咙被敌人捏碎，身体也被金属棒穿透。尽管在临死之前，他留下了重要的信息作为传承，但他的身体最终沉入了大海之中。
