使徒行者第2部实际上是第1部的前传。第2部讲述了一个警察被害后，展开了拯救卧底和追寻警局幕后黑手的故事。这两部剧实际上是按照倒叙的方式进行叙述的，主要讲述了卓凯和他潜伏在泰国毒枭团伙中一起剿灭毒枭的行动。
在2010年10月，卓凯前往泰国与他的卧底警察碰头。行动结束后，当众人准备离开泰国时，一场爆炸导致所有的卧底都被困在了泰国，而卓凯因为接到一个电话与卧底失去了联系，所以幸运地逃过了一劫。这也成为了他一生中最大的污点和心理阴影。
不仅如此，连他自己都对自己产生了怀疑，连他的上司也对他充满怀疑。在他回到香港后，警局对他展开了调查并吊销了他的职位。卓凯的好朋友也因为原因不明被害，他的好朋友黎瑞权被害后，他的手下只剩下一名女警郑淑梅。然而，郑淑梅还没有成为一名合格的卧底，并且黎瑞权手底下的卧底资料也被删除了。要想找出黎瑞权被害的真相，就必须找出这些卧底，这对卓sir等人来说是一个巨大的难题。
卓凯和郑淑梅开始了全面寻找卧底的行动，在这个过程中，他们与长兴坐馆的魏德信产生了交集，并揭开了警局最大的黑警和黑恶势力联手谋取暴利的幕后真相。
