《使徒行者》第2部实际上是第1部的前传，故事主要讲述了一名警察被害后，卷入拯救卧底和揭露警局黑幕的旅程。这两部剧实际上是以倒序方式展示的，讲述了卓凯与他潜伏在泰国毒枭手下一起消灭毒枭的行动。 2010年10月，卓凯前往泰国与他的卧底警察会面。行动结束后，当大家准备离开泰国时，一场爆炸让所有卧底永远留在了泰国，只有卓凯因为接了一个电话与卧底失去了联系，幸运地逃过了一劫。这也成为他一生中最大的污点和心理阴影。 他不仅自己怀疑自己，连上司对他也心存疑虑。回到香港后，警察局对他进行了调查，并吊销了他的职位。卓凯的好朋友也遭到不明原因的袭击，他的好友黎瑞权遇害后只剩下一个女警员郑淑梅。然而郑淑梅还没有成为合格的卧底，而且黎瑞权手下的卧底资料也被删除，要揭示黎瑞权被害的真相，就必须找到这些卧底，这对于卓sir等人来说是一个巨大的挑战。 卓凯和郑淑梅开始了全面的卧底搜寻行动，在寻找卧底的过程中，他们与长兴坐馆的魏德信发生了交集，随后揭示了警察局内部最黑暗的黑警及黑恶势力勾结牟利的幕后真相。
