九州牧云与九州缥缈并没有直接联系。尽管两部剧都以九州世界为基础，但它们的作者不同。九州缥缈录的故事发生在牧云记六百年之前，主角姬野是牧云记的姬公主的祖先。
《九州海上牧云记》是根据今何在的同名小说改编的，作者与《九州缥缈录》不同，因此从这一点来看，两部剧没有直接联系。然而实际上，这两部剧还是有一些关联的。它们都以九州世界为背景，《九州缥缈录》的故事明显发生在《九州海上牧云记》之前，大约相差了六百年。
《九州缥缈录》的主角姬野是《海上牧云记》姬公主的祖先。姬野死后，姬昌夜发动政变，建立了大燮王朝，而姬野的后代流落到民间，过着逃亡的生活。一百多年后，姬野的后人姬云烈建立了大晟王朝，也被称为后燮。末代后燮时期，蛮族南下，牧云氏和穆如氏达成协议，谁先进驻天启就可成为天下之主。后燮将士奋起抵御来自牧云氏和穆如氏的强大军队，但最终还是投降给了牧云氏，并开启城门欢迎新的君主。从那时起，牧云氏成为了天启王室，这段历史被称为端朝。而后燮宗室在地下城中存活了三百多年，《海上牧云记》的故事正发生在端朝的末期。姬氏的首领是姬公主，她也是姬野的后代。姬公主一直怀有复国之心，但直到死去也未能达成愿望。
《九州缥缈录》和《九州海上牧云记》共享着相同的世界观，却呈现出不同的故事。如果非要将它们联系在一起，只能说《海上牧云记》发生在《九州缥缈录》的六百年之后。至于姬野和姬公主之间的关系，可以说姬野是姬公主的祖先。
